1. Štruktúra a princíp činnosti: Plynová chromatografia-hmotnostná spektrometria (GC-MS) je zariadenie, ktoré pridáva k plynovému chromatografu detektor hmotnostnej spektrometrie. Plynový chromatograf využíva plyn ako nosný plyn, ohrieva a odparuje vzorku do plynnej fázy a prenáša ju pozdĺž chromatografickej kolóny do detektora. Plynová chromatografia-hmotnostný spektrometer tiež používa plyn ako nosný plyn na zahrievanie a odparovanie vzorky do plynnej fázy. Po chromatografii sú však molekuly vzorky ionizované iónovým zdrojom, čím sa vytvorí tok iónov, ktorý sa prenáša do detektora hmotnostnej spektrometrie na detekciu. Po analýze analyzátorom je signál zaznamenaný detektorom, aby sa získali informácie o zložení vzorky. Plynová chromatografia-hmotnostná spektrometria má preto dvojité výhody plynovej chromatografie-hmotnostnej spektrometrie.
2. Citlivosť a rozlíšenie: V dôsledku pridania vrstvy hmotnostného spektrometra na vrchnú časť plynového chromatografu je citlivosť a rozlišovacia schopnosť plynovej chromatografie-hmotnostného spektrometra vyššia ako u plynovej chromatografie-hmotnostného spektrometra. Plynová chromatografia-hmotnostná spektrometria dokáže analyzovať zložitejšie vzorky a detegovať zlúčeniny s veľmi nízkym obsahom.
3. Cena: V porovnaní s plynovými chromatografmi má plynová chromatografia-hmotnostná spektrometria (GC-MS) ďalšiu vrstvu detektora hmotnostnej spektrometrie, takže jej cena je tiež vyššia ako pri plynovej chromatografii. Vhodné pre situácie, kde sú pri výskume kladené vysoké požiadavky na presnosť detekcie, hĺbku analýzy a citlivosť.
Stručne povedané, plynová chromatografia-hmotnostná spektrometria (GC-MS) kombinuje plynovú chromatografiu-hmotnostnú spektrometriu (GC-MS) s detektorom hmotnostnej spektrometrie, ktorý dokáže analyzovať zložitejšie vzorky s vyššou citlivosťou a rozlíšením. Je vhodný pre situácie, kde sa pri výskume vyžaduje vysoká presnosť detekcie, hĺbka analýzy a citlivosť, ale náklady sú tiež vyššie.